Zu Beginn der gemeinsamen Arbeit wird ein ausführliches Gespräch geführt. Besonders vor der ersten Sitzung. Hier wird versucht genau festzulegen, wo das Problem liegt und wie daran gearbeitet werden soll. Das Ziel ist es zusammen mit dem Empfänger einen Weg zu finden, den auch der Empfänger bereit ist mitzugehen. Denn nur wenn eine Lösung gefunden wird, die auch vom Empfänger erreicht werden will, ist die Arbeit sinnvoll. Es wird anhand des Gespräches, der Körperhaltung und der gesamten Konstitution und Kondition des Empfängers versucht herauszufinden, wo das Problem seinen Ursprung hat.
Die Energiearbeit selbst verläuft dann weitgehend nonverbal, das heißt, es wird nicht gesprochen. Der Empfänger soll sich völlig entspannen und sich fallen lassen. Dabei soll er sich wirklich völlig den Händen des Praktikers und dessen Arbeit hingeben. Es werden mitunter Dehnübungen, Bewegungen an Gelenken oder Ähnliches durchgeführt, wobei der Empfänger hier optimalerweise keine der Bewegungen mitmacht oder diese selbst durchführt. Er sollte sich völlig fallen und sich wie eine Marionette vom Shiatsu-Praktiker bewegen lassen.
Gearbeitet wird im Shiatsu in erster Linie mit dem Druck des Daumens, aber auch mit der Hand, dem Handballen, dem Unterarm, dem Ellenbogen und dem Knie und auch mit den Füßen. Es finden zusätzlich auch eine Menge von Dehn-, Klopf-, Knet- und Rotationstechniken ihre Anwendung.
Es handelt sich hierbei um eine fast ausschließlich sehr angenehme, ruhige und entspannende Arbeit. Ziel ist es, den Körper in die Entspannung und somit in einen parasympathischen Zustand zu führen und damit die Selbstheilungskräfte zu aktivieren.
Nach der Sitzung benötigt der Körper ein paar Minuten, um die von außen empfangenen Informationen zu verarbeiten und das System wieder "hochzufahren". Dafür fühlt man sich schon kurz danach erholt, entspannt und voller Energie.